En cas de désaccord entre la délégation des producteurs et la délégation des négociants sur l'application des accords, l'une d'entre elles peut demander l'ouverture d'une procédure de conciliation.
La commission de conciliation est composée d'un producteur désigné par la Fédération des grands vins de Bordeaux, d'un négociant désigné par la Fédération des négociants de Bordeaux et de Libourne, et de personnalités, non fonctionnaires et non parlementaires choisies pour leurs compétences dans le domaine concerné.
Le directeur général du conseil interprofessionnel du vin de Bordeaux assiste aux réunions de la commission de conciliation. Les conclusions de la commission sont approuvées par chaque délégation.
En cas d'échec de la procédure de conciliation, une procédure d'arbitrage peut être engagée par le président du conseil interprofessionnel du vin de Bordeaux à son initiative ou sur demande du bureau. La composition de la commission d'arbitrage est prévue par le règlement intérieur du conseil.