Le président du Muséum national d'histoire naturelle est choisi, après appel à candidatures, parmi les personnalités scientifiques ayant une compétence dans les domaines d'activité de l'établissement. Il est nommé par décret pour quatre ans, sur proposition des ministres chargés de la tutelle. Il ne peut exercer plus de deux mandats consécutifs.
La proposition des ministres est faite au vu de l'avis motivé de la commission prévue à l'article R. 353-11 qui soumet aux ministres trois candidats au plus.
Les fonctions de président du Muséum sont incompatibles avec l'exercice de fonctions de directeur au sein de l'établissement.