Les fonds du Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement sont déposés chez un comptable du Trésor et ne bénéficient d'aucune rémunération.
Sur autorisation accordée par le ministre chargé de l'économie et le ministre chargé du budget, le centre peut, par dérogation, déposer ses fonds dans des établissements de crédit français ou étrangers.
Les fonds libres provenant de libéralités ou d'aliénation d'éléments du patrimoine ainsi que, sur décision expresse des ministres chargés de l'économie et du budget, les autres fonds, peuvent être placés :
1° Sur un ou plusieurs comptes à terme ouverts auprès du Trésor ;
2° Sur un compte de placement rémunéré ouvert auprès du Trésor ;
3° En titres, libellés en euros, détenus directement, émis ou garantis par les Etats membres de l'Union européenne ou les autres Etats parties à l'accord sur l'Espace économique européen.
Les modalités de fonctionnement des comptes à terme et du compte de placement rémunéré sont fixées par arrêté des ministres chargés de l'économie et du budget.