Le Centre national d'études spatiales est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
Des agents comptables secondaires peuvent être désignés par le président du conseil d'administration sur proposition de l'agent comptable principal.
Des régies d'avances et des régies de recettes peuvent être instituées selon les dispositions du décret n° 2019-798 du 26 juillet 2019 relatif aux régies de recettes et d'avances des organismes publics.
Des avances peuvent être consenties dans les conditions fixées par l'ordonnateur, avec l'accord de l'autorité chargée du contrôle économique et financier de l'Etat, aux personnes chargées de missions pour le compte du centre ainsi qu'aux personnes, sociétés ou organismes mandatés par le centre pour opérer pour son compte. De la même façon, des avances peuvent être consenties avec l'accord de l'autorité chargée du contrôle économique et financier de l'Etat lorsque le centre agit pour le compte d'une autre personne, d'une société ou d'un organisme.