Les instituts sont dirigés par un directeur nommé par le président du centre.
L'ensemble des directeurs d'institut, sous l'autorité du président, participent avec le conseil scientifique mentionné à l'article R. 322-25 à l'élaboration de la politique scientifique du centre. Ils mettent en œuvre les orientations scientifiques du centre dans le champ d'intervention de l'institut qu'ils dirigent.
Les directeurs des instituts peuvent être assistés d'un ou plusieurs directeurs adjoints, nommés par le président du centre, sur proposition du directeur de l'institut.