Le Haut Conseil de l'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur est soumis aux règles budgétaires et comptables publiques. Ces règles, précisées dans le règlement comptable et financier mentionné à l'article R. 114-4, sont définies conformément aux articles 18 à 20,24,29,38,50 à 52,54,59,168,175 à 183,192 à 196,198 à 212 et 214 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
Les délibérations du collège relatives au budget et à ses modifications sont adressées pour information aux ministres chargés de la recherche, de l'enseignement supérieur et du budget.