Le service à compétence nationale « Institut des hautes études pour la science et la technologie » est dirigé par un directeur qui est assisté d'un adjoint. Il est nommé, dans les conditions mentionnées aux articles 11 à 16 du décret du 31 décembre 2019 susvisé. Sa nomination est prononcée pour une durée maximale de trois ans. Elle est renouvelable dans la limite d'une durée totale de six ans.
Le directeur établit un rapport annuel sur l'ensemble de l'activité, du fonctionnement et de la gestion du service.
Le directeur a autorité sur les personnels affectés à l'institut.
Il élabore chaque année les prévisions de dépenses et de recettes.
Il prépare les orientations générales, notamment les programmes et principes de tarification, soumises au conseil d'orientation et les met en œuvre.
Il s'appuie sur les avis et recommandations formulés par le conseil scientifique et le conseil d'enseignement.