Dans l'annexe I, définissant les critères de morphologie générale, et dans le répertoire analytique des pathologies, constituant l'annexe II du présent arrêté, les informations sont réparties en trois colonnes, précisant respectivement la pathologie en cause, le (s) sigle (s) concerné (s) du profil médical et le coefficient à attribuer à ce (s) sigle (s).
Pour certaines affections le coefficient à attribuer au sigle peut différer selon qu'il s'agisse d'un engagement initial dans les forces armées et formations rattachées ou d'une évaluation en cours de carrière ou de contrat. Ainsi, au sens de l'annexe II :
-les coefficients " à l'engagement initial dans les forces armées et formations rattachées " sont appliqués aux candidats à un premier engagement dans l'armée active et jusqu'à la fin de la période probatoire ;
-les coefficients " en cours de carrière ou de contrat " sont appliqués aux militaires d'active après la période probatoire, y compris en cas de changement de corps ou de force armée ou formation rattachée aux candidats à l'engagement dans la réserve opérationnelle, aux réservistes servant dans la réserve opérationnelle et aux anciens militaires candidats à un nouvel engagement. Les réservistes spécialistes peuvent se voir appliquer des coefficients “ en cours de carrière ou de contrat ” plus souples que les autres réservistes servant dans la réserve opérationnelle.
Confronté à une affection décrite dans un article du répertoire analytique, le médecin du service de santé des armées s'appuie sur les indications qui y sont données en matière de cotation du profil médical puis détermine l'aptitude médicale en se référant aux textes réglementaires des forces armées et formations rattachées ou de la gendarmerie nationale. Lorsque plusieurs affections intéressent un même sigle ou quand le coefficient peut fluctuer entre deux bornes, le médecin choisit la valeur lui paraissant la mieux adaptée à la situation clinique en respectant les règles définies à l'article 3.
Ce répertoire est nécessairement incomplet. En présence d'affections qui n'y sont pas citées, le présent arrêté offre des possibilités d'appréciation par référence à celles qui ont été retenues.