Le directeur de l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire est nommé par décret, sur proposition du garde des sceaux, ministre de la justice, pour une durée de trois ans renouvelable une fois. L'emploi de directeur est régi par les dispositions du décret n° 2023-1122 du 30 novembre 2023 relatif à certains emplois de direction du ministère de la justice et du décret n° 2019-1594 du 31 décembre 2019 relatif aux emplois de direction de l'Etat.
Il est assisté d'un directeur adjoint, nommé par arrêté du garde des sceaux, ministre de la justice, qui le supplée en cas d'absence ou d'empêchement.
Il est également assisté d'un secrétaire général et des directeurs chargés de la formation initiale, de la formation continue et de la recherche, nommés par arrêté du garde des sceaux, ministre de la justice.