L'autorité nationale d'audit pour les fonds européens ne peut siéger valablement que si au moins cinq de ses membres sont présents.
En cas d'absence, de vacance ou d'empêchement du président, le vice-président préside les réunions de l'autorité. En cas d'empêchement du président et du vice-président, le doyen d'âge des membres titulaires présents préside les réunions de l'autorité.
Les rapports, avis et recommandations sont adoptés par l'autorité à la majorité des membres présents.
En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.
Les membres de l'autorité ne peuvent prendre part aux délibérations portant sur des programmes dont ils auraient eu à connaître au titre d'autres fonctions ainsi qu'à toute délibération pour laquelle ils estimeraient se trouver dans une situation susceptible de mettre en cause leur indépendance.