L'autorité nationale d'audit pour les fonds européens comprend neuf membres nommés par arrêté du Premier ministre pour une durée de quatre ans renouvelable :
1° Cinq agents de l'Etat de catégorie A, en activité ou à la retraite, exerçant ou ayant exercé des fonctions d'audit ou d'expertise des fonds européens :
-un membre nommé sur proposition du ministre chargé de la cohésion des territoires ;
-un membre nommé sur proposition du ministre de l'intérieur ;
-un membre nommé sur proposition du ministre chargé de l'emploi ;
-deux membres nommés sur proposition du ministre chargé de l'économie ;
2° Quatre personnalités qualifiées nommées en raison de leurs compétences en matière d'audit ou de leur expertise dans le domaine des fonds européens, dont deux nommées sur proposition de l'association Régions de France.
Le président et le vice-président de l'autorité nationale d'audit pour les fonds européens sont nommés par arrêté du Premier ministre parmi les membres mentionnés au 1°.
Le secrétaire général des affaires européennes ou son représentant et le président de la commission de certification des comptes des organismes payeurs des dépenses financées par les fonds européens agricoles ou son représentant peuvent assister aux réunions de l'autorité en qualité d'observateur.