Au cours de l'enquête, le rapporteur entend ou fait entendre le magistrat mis en cause par un magistrat d'un rang au moins égal à celui de ce dernier et, s'il y a lieu, le justiciable et les témoins. Il accomplit tous actes d'investigation utiles et peut procéder à la désignation d'un expert.
Lorsque la technicité des actes d'enquête le justifie, le rapporteur peut solliciter du garde des sceaux, ministre de la justice, que soit diligentée une enquête administrative. Le rejet exprès de cette demande doit être motivé. Le silence du garde des sceaux, ministre de la justice, pendant un délai de deux mois vaut rejet de cette demande. A la demande du rapporteur, formulée dans le mois suivant la décision implicite de rejet, les motifs de celle-ci lui sont communiqués dans le mois suivant cette demande. L'inspection générale de la justice adresse son rapport au garde des sceaux, ministre de la justice, lequel transmet sans délai le rapport au Conseil supérieur de la magistrature.
Le magistrat incriminé peut se faire assister par l'un de ses pairs, par un avocat au Conseil d'Etat et à la Cour de cassation ou par un avocat inscrit au barreau.
La procédure doit être mise à la disposition de l'intéressé ou de son conseil quarante-huit heures au moins avant chaque audition.