Le conseil scientifique est consulté sur les orientations des politiques de recherche de l'observatoire ainsi que sur la répartition des crédits de recherche et la qualification à donner aux emplois d'enseignant-chercheur et de chercheur vacants ou demandés. Il émet un avis sur les programmes de recherche et sur le contrat pluriannuel de l'établissement avec l'Etat.
Il peut formuler des propositions et être saisi par le conseil d'administration ou le directeur de l'observatoire sur toute question relevant des missions de l'établissement.