Le CTHS organise chaque année le congrès national des sociétés historiques et scientifiques placé sous le patronage du ministre chargé de l'enseignement supérieur et du ministre chargé de la recherche.
Le lieu, la date et l'organisation du congrès sont fixés par le conseil de direction.
Chaque section exerce à tour de rôle la présidence du congrès.