Les sections définissent les orientations scientifiques des projets portés par le CTHS. Dans leur champ de compétences, elles proposent et expertisent les publications qui leur sont soumises, construisent des collections de sources et de travaux inédits, promeuvent les jeunes chercheurs, notamment en participant au concours de thèses du CTHS dont la thématique valorise alternativement chacune d'entre elles. Elles suscitent, soutiennent et organisent des manifestations scientifiques en lien avec leur politique éditoriale ou les besoins de vulgarisation des résultats de la recherche à destination des publics les plus variés. Elles participent aux événements locaux, nationaux et internationaux qui permettent de faire connaître le travail du CTHS et de faire vivre le lien entre la production universitaire et celle des sociétés savantes. A tour de rôle, elles proposent le thème du congrès annuel du CTHS, mis en débat au sein de l'ensemble des membres du CTHS.