Le CTHS est chargé des missions suivantes :
1° Concourir aux recherches portant sur les sciences de l'homme et de la société, sur les sciences de la nature et de la vie, sur le patrimoine et concernant plus particulièrement la France et ses régions ;
2° Contribuer à la diffusion, à la valorisation des connaissances historiques et scientifiques sur le territoire national, en Europe et dans le monde, en particulier francophone ;
3° Assurer la publication sur tout support de travaux scientifiques d'érudition et de méthode en privilégiant une diffusion numérique en accès ouvert ;
4° Organiser des manifestations scientifiques, et notamment le Congrès annuel national des sociétés historiques et scientifiques ;
5° Animer et fédérer les réseaux des sociétés savantes, favoriser le développement de leurs activités ;
6° Favoriser les échanges entre recherche publique et associative, encourager le développement de la recherche participative, soutenir les jeunes chercheurs.