Un conseil scientifique assiste l'académie dans son activité de recherche.
Le conseil scientifique est consulté sur les orientations de la programmation scientifique des appels à projet de recherche, ainsi que sur les projets spontanés de nature diverse (recherches, colloques, publications) hors appels à projets. Sur proposition du directeur de l'académie, le conseil scientifique peut contribuer aux autres réflexions conduites par l'académie dans le domaine de la recherche.
Sa composition et son fonctionnement sont déterminés par arrêté du ministre de l'intérieur.