Les membres titulaires et titulaires honoraires, les membres associés et associés honoraires, les membres correspondants nationaux et correspondants nationaux honoraires de l'Académie procèdent à l'élection d'un secrétaire perpétuel parmi les membres titulaires et titulaires honoraires pour une période de trois ans renouvelable deux fois selon les modalités prévues par le règlement intérieur. Il est responsable du fonctionnement de l'administration de l'Académie.
Son élection est approuvée par décret du Président de la République.
Le secrétaire perpétuel met en œuvre la politique de l'Académie.
Il est ordonnateur des dépenses et recettes de l'Académie. Il signe tous les actes, contrats et conventions engageant l'Académie. Il peut déléguer sa signature au secrétaire perpétuel adjoint et à d'autres agents de l'Académie.
Il présente un rapport annuel d'activités de l'Académie au conseil d'administration et à l'assemblée.
Il réunit le bureau, convoque le conseil d'administration et en fixe les ordres du jour.
Il décide de l'organisation des travaux de l'assemblée et arrête son programme de travail.
Il est responsable de toutes les publications de l'Académie. Pour chacune d'elles, il est assisté par un membre titulaire de l'Académie qui assure les fonctions de rédacteur en chef.