L'Académie est présidée par le président de l'Académie nationale de pharmacie, président de l'assemblée, du bureau et du conseil d'administration.
L'Académie est administrée par un secrétaire perpétuel, un bureau et un conseil d'administration.
Le secrétaire perpétuel est assisté d'un secrétaire perpétuel adjoint, d'un trésorier, d'un secrétaire administratif et financier et d'un secrétaire annuel de séances.
L'Académie s'administre librement. Elle bénéficie de l'autonomie financière sous le seul contrôle de la Cour des comptes.
Ses décisions entrent en vigueur sans approbation préalable.