Le comité constitue en son sein un sous-comité médical et un sous-comité des transports sanitaires. La commission de conciliation paritaire mentionnée au II de l'article L. 1424-42 du code général des collectivités territoriales est réunie sous son égide.
Le comité est réuni au moins une fois par an par ses présidents ou à la demande d'au moins la moitié de ses membres.