Les ECOS se déroulent lors d'une session unique dans les locaux de l'université ou à proximité de celle-ci. Pour chaque candidat, ils comportent dix stations réparties en deux circuits de cinq stations.
La durée de chaque station est déterminée par l'arrêté d'ouverture des épreuves nationales, ne peut être inférieure à sept minutes ni supérieure à dix minutes et est identique pour tous les candidats au plan national.
Chaque candidat prend connaissance du scénario relatif à chaque station au signal sonore actant le démarrage de l'épreuve.
La valeur minimale mentionnée au III de l'article R. 632-2-3 du code de l'éducation de la note attribuée correspondant à la somme des notes uniques non pondérées obtenues à chacune des 10 stations doit être égale ou supérieure à 10/20.
Cette note constitue un des éléments du dossier mentionné à l'article R. 632-2-7 permettant de participer à la procédure nationale d'appariement mentionnée au même article.
Les candidats ayant obtenu une note inférieure à la note minimale de 10/20 mentionnée au présent arrêté ne bénéficient d'aucune seconde session. Ils sont autorisés à se présenter à la session des ECOS de l'année universitaire suivante. Les étudiants concernés se réinscrivent à l'université en troisième année de deuxième cycle des études de médecine. Les stages effectués au cours de cette année supplémentaire ne donnent pas lieu à validation.