Une commission nationale opérationnelle des ECOS (CNODE), placée sous la supervision du CNG, est définie par arrêté conjoint des ministres chargés de la santé et de l'enseignement supérieur.
Elle est chargée :
1° De recueillir auprès de chaque UFR le nom, le statut et les coordonnées du coordonnateur local et de son suppléant désignés par le président d'université ;
2° De recueillir auprès de chaque UFR le nom, le statut et les coordonnées des examinateurs désignés par le président d'université ;
3° De constituer les comités d'examinateurs locaux par UFR conformément aux dispositions prévues par l'article R. 632-2-5 du code de l'éducation ;
4° De recueillir auprès de chaque UFR la liste des participants standardisés désignés par le président d'université pour participer à l'épreuve nationale d'ECOS ;
5° De transmettre au jury national le nom, le statut et les coordonnées de chaque coordonnateur local et de son suppléant, des examinateurs, ainsi que la liste des participants standardisés et leur affectation dans les UFR ;
6° De recueillir auprès de chaque UFR l'attestation sur l'honneur d'absence de conflit d'intérêt de chaque examinateur, de chaque coordonnateur local et de son suppléant et de chaque participant standardisé.