Sous l'autorité du président, la commission d'instruction instruit l'affaire par tous les moyens qu'elle juge propres à l'éclairer. Toute personne citée comme témoin et qui s'estime victime, de la part de la personne poursuivie, des agissements mentionnés aux chapitres Ier et III du titre III du livre Ier du code général de la fonction publique, peut demander à être assistée de la tierce personne de son choix.
La personne poursuivie et l'auteur des poursuites disciplinaires sont convoqués par la commission afin d'entendre leurs observations. Il est donné lecture à chaque partie ou chaque témoin de ses déclarations. Le procès-verbal est signé par le rapporteur et la personne entendue ou mention est faite qu'il ne peut ou ne veut pas signer.
Le rapport de la commission d'instruction comporte les diligences accomplies, l'exposé des faits ainsi que les observations présentées par l'autorité qui a engagé la poursuite et celles présentées par la personne déférée. Il comprend les pièces produites dans le cadre de l'instruction.
Le rapport est remis aux membres de la juridiction dans un délai préalablement fixé par le président dans la limite de quatre mois à compter de la désignation du rapporteur. Ce délai n'est pas prescrit à peine de nullité. Toutefois, le président peut ordonner un complément d'instruction s'il estime que l'affaire n'est pas en état d'être jugée.
Le rapport ainsi que, le cas échéant, le rapport complémentaire sont transmis par tout moyen permettant de conférer date certaine aux parties au moins quinze jours francs avant l'audience.
Le président peut fixer la date à partir de laquelle l'instruction sera close. En l'absence d'une décision de clôture, l'instruction est close trois jours francs avant la date de l'audience indiquée dans la convocation.