Sous l'autorité du président, la commission d'instruction entend les parties et instruit l'affaire par tous les moyens qu'elle juge propres à l'éclairer. Toute personne citée comme témoin par l'une des parties et qui s'estime victime, de la part de l'enseignant poursuivi, des agissements mentionnés aux chapitres Ier et III du titre III du livre Ier du code général de la fonction publique, peut demander à être assistée de la tierce personne de son choix.
Le greffe dresse un procès-verbal de chaque audition. Il est donné lecture à chaque partie ou chaque témoin de ses déclarations. Le procès-verbal est signé par le rapporteur, le greffe et la personne entendue ou mention est faite que cette dernière ne peut ou ne veut pas signer.
Le rapport de la commission d'instruction mentionne les diligences accomplies et contient le procès-verbal de chacune des auditions. Il comprend un exposé des faits ainsi que l'opinion personnelle du rapporteur sur les solutions qu'appelle le jugement de l'affaire.
Le rapport est remis, par voie électronique au moyen d'une application informatique sécurisée, au président et aux membres de la juridiction dans un délai préalablement fixé par le président dans la limite de trois mois à compter de la désignation du rapporteur. Ce délai n'est pas prescrit à peine de nullité.
Le président peut demander à la commission un complément d'instruction. Dans ce cas, un rapport complémentaire est remis.
Le rapport ainsi que, le cas échéant, le rapport complémentaire sont transmis par tout moyen conférant date certaine aux parties au moins quinze jours francs avant l'audience.
Ce délai est réduit à cinq jours francs lorsque l'affaire est soumise à la formation mentionnée à l'article R. 232-34.
Le président peut fixer la date à partir de laquelle l'instruction sera close. En l'absence d'une décision de clôture, l'instruction est close trois jours francs avant la date de l'audience indiquée dans la convocation.