Le directeur de l'agence est nommé par le directeur général de la gendarmerie nationale après consultation du directeur général de la police nationale. Il exerce ses fonctions auprès du directeur général de la gendarmerie nationale et du directeur général de la police nationale.
Le directeur adjoint est nommé par le directeur général de la police nationale après consultation du directeur général de la gendarmerie nationale.
Le directeur de l'agence peut déléguer sa signature, par arrêté, aux personnels placés sous son autorité pour signer tous actes, décisions ou conventions, dans la limite de leurs attributions.