Le secrétaire général, haut fonctionnaire de défense et de sécurité et haut fonctionnaire chargé de la sécurité routière, est responsable des missions de défense et de sécurité. Il dispose à cet effet d'une cellule d'appui qui lui est rattaché.
Il est responsable de la politique de communication du ministère et est chargé de la mise en œuvre opérationnelle des productions de communication.
Il prépare la contribution du ministère à la stratégie nationale de développement durable, coordonne l'élaboration des plans d'actions correspondants et en suit l'application. Il définit et coordonne la mise en œuvre de la politique du ministère en matière d'inclusion et de handicap.
Il est assisté, pour l'ensemble de ses fonctions, de deux directeurs d'administration centrale, secrétaires généraux adjoints. Ils sont respectivement en charge du suivi et de la coordination des domaines relatifs :
-aux services mentionnés aux 1°, 2°, 3° et 4° du I de l'article 1er ;
-aux services mentionnées aux 5°, 6°, 7°, 8° et 9° du I de l'article 1er.
Le secrétaire général peut constituer, en cas de besoins et afin de répondre à des nécessités ponctuelles ou pérennes, des équipes projets, des pôles, des missions ou des délégations, notamment dans les affaires relatives à l'outre-mer, l'encadrement supérieur et le développement durable.