Pour l'exercice de ses missions, le service de l'aménagement des territoires et de l'immobilier s'appuie sur des délégués régionaux placés auprès des secrétariats généraux pour les affaires régionales des préfectures de région. Ces délégués agissent également en étroite coordination avec les autorités militaires concernées au titre de l'organisation territoriale de la défense.