Pour l'accomplissement de ses missions, l'EPEI Pessac Aquitaine Nord est composé des deux unités suivantes :
-une unité éducative d'hébergement diversifié, dénommée “ UEHD Pessac Les Echoppes ”, sise 53, rue des Echoppes, 33603 Pessac, d'une capacité théorique d'accueil de 24 places en hébergement diversifié pour des filles et garçons âgés de 13 à 19 ans ;
-une unité éducative d'activité de jour (UEAJ), dénommée “ UEAJ Bordeaux ”, sise 55 bis, rue François-de-Sourdis, 33000 Bordeaux, d'une capacité théorique d'accueil de 24 places pour des filles et garçons âgés de 15 à 18 ans.