La sous-direction des autorités préfectorales et de l'encadrement supérieur est chargée de la gestion :
- des autorités préfectorales ;
- des administrateurs de l'Etat relevant pour leur gestion du ministère de l'intérieur et du ministère chargé de l'outre-mer ;
- des emplois supérieurs et des emplois de direction relevant de l'administration centrale du ministère de l'intérieur et du ministère chargé de l'outre-mer ;
- et, en lien avec le délégué mobilité carrière compétent, des emplois de direction de l'administration territoriale de l'Etat relevant pour leur gestion du ministère de l'intérieur.
Elle assure le recrutement, le suivi des carrières, l'accompagnement à la mobilité et la gestion administrative de l'ensemble de ces personnels. Elle organise leur évaluation. Elle assure la pré-liquidation de la paye de l'ensemble des préfets, des sous-préfets, administrateurs de l'Etat, directeurs départementaux interministériels, directeurs départementaux interministériels adjoints, secrétaires généraux pour les affaires régionales et adjoints aux secrétaires généraux pour les affaires régionales.
Elle est responsable de la détermination de leurs rémunérations et de l'organisation des campagnes indemnitaires annuelles. Elle est chargée de l'application et du suivi des textes statutaires spécifiques à ces personnels.