Le Fonds national de modernisation, de performance et de péréquation est abondé par la taxe déterminée au III de l'article 1604 du code général des impôts qui est recouvrée par prélèvement automatique mensuel, par Chambres d'agriculture France auprès de chaque chambre d'agriculture. Le cas échéant, Chambres d'agriculture France procède au recouvrement conformément aux modalités fixées par décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 modifié relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
Le Fonds est également alimenté par le montant des remboursements des avances qu'il a consenties, le produit de toutes ressources spéciales qui peuvent lui être affectées ainsi que de recettes diverses et exceptionnelles.