La sous-direction de la stratégie de transformation et de l'animation des réseaux élabore la stratégie de transformation des organisations du ministère (impulsion des simplifications, impulsion des réflexions stratégiques sur l'organisation des services et des missions, déploiement de démarches interministérielles) et coordonne sa mise en œuvre. Elle veille à ce titre à la cohérence de l'ensemble des réformes concernant l'organisation des services centraux et territoriaux du ministère ainsi que de ses établissements publics. Elle appuie les démarches qualité au sein des services du ministère.
Elle conduit et anime les relations entre l'administration centrale et les services déconcentrés.
A ce titre, elle est chargée de l'instruction et de la diffusion des circulaires ministérielles adressées aux préfets et services déconcentrés. Elle est également garante de la régulation et du suivi des instructions ministérielles qui leur sont adressées.
Elle organise, avec les directions métiers du ministère, le dialogue de gestion stratégique avec les services déconcentrés. Dans ce cadre, elle propose au secrétaire général, en concertation avec la direction des ressources humaines et les directions générales, la fixation des objectifs et la répartition des effectifs des services déconcentrés en fonction des priorités ministérielles et locales. Elle contribue à l'évaluation de la performance des services déconcentrés. Elle s'assure de la cohérence des dispositifs du ministère avec les autres dispositifs ministériels et interministériels et le représente dans les instances interministérielles concernées.
Elle coordonne les tutelles exercées par l'administration centrale sur les établissements publics. Elle est garante à ce titre de la cohérence des actions des établissements publics avec celles des services déconcentrés. Elle veille à la mise en œuvre des instructions du Premier ministre en matière de pilotage des opérateurs.
Elle appuie le secrétaire général au titre de ses fonctions de commissaire du Gouvernement auprès des établissements concernés. Elle coordonne l'action des différents services participant à l'exercice de leur tutelle.
Elle élabore les orientations stratégiques pour les établissements d'enseignement supérieur du ministère et en coordonne le pilotage en liaison avec les services concernés. Elle assure la tutelle de l'Ecole nationale des ponts et chaussées et de l'Ecole nationale des travaux publics de l'État et elle veille à la cohérence de leurs enseignements avec l'évolution des métiers et des emplois du ministère.
Elle pilote l'activité de l'Ecole nationale des techniciens de l'équipement.