Le médiateur national est saisi par écrit ou par voie électronique. Il peut être saisi soit par les ministres chargés de la santé et des affaires sociales, soit, lorsque l'examen d'une saisine au niveau régional ou interrégional n'a pas abouti, par le médiateur régional ou interrégional qui a été saisi au préalable du différend ou par le directeur général du Centre national de gestion s'agissant des praticiens hospitaliers et des personnels de direction de la fonction publique hospitalière.
Le médiateur national accuse réception de cette saisine dans un délai de huit jours. Il en informe le directeur de l'établissement d'affectation, ou de stage lorsque le différend concerne un personnel non médical, un étudiant ou un élève des formations aux professions de santé mentionnées au livre III de la quatrième partie du code de la santé publique ainsi que le président de la commission médicale d'établissement lorsque le différend concerne au moins un personnel médical, et le doyen de l'unité de formation et de recherche concernée lorsqu'il concerne au moins un personnel hospitalo-universitaire ou un étudiant. Il instruit la demande et organise son examen par l'instance nationale de médiation avant de décider d'engager la médiation. Deux membres de l'instance, désignés par le médiateur national, sont chargés de rencontrer les parties concernées et de réunir toutes informations utiles à la médiation notamment les conclusions de la conciliation locale ainsi que les conclusions de la médiation régionale ou interrégionale. Si le différend remplit les critères fixés à l'article 2, le médiateur national recueille l'accord écrit des parties concernées pour engager la médiation et accéder aux dossiers individuels des intéressés.
Préalablement à l'accord mentionné au précédent alinéa, un ou les deux membres de l'instance ayant été désignés peuvent être récusés par une partie au différend. Le médiateur national désigne alors un ou deux autres membres de l'instance. Cette faculté est ouverte une fois à chacune des parties.
Pour l'instruction des dossiers dont il est saisi, le médiateur national peut faire appel en tant que de besoin aux services du ministère chargé de la santé ou du ministère chargé des affaires sociales et du Centre national de gestion s'agissant des praticiens hospitaliers et des personnels de direction de la fonction publique hospitalière.
Il peut également avoir recours à un médiateur qualifié dans le domaine sanitaire, social et médico-social figurant sur une liste établie par lui en lien avec les médiateurs régionaux ou inter-régionaux. Le médiateur désigné dans ce cadre bénéficiera d'une prise en charge financière dans les mêmes conditions que celles applicables aux membres de l'instance nationale de médiation.