I. - Pour les services d'intérêt national et les services librement organisés, le montant de la compensation due pour la mise en œuvre des réductions tarifaires prévues à l'article 1er est calculé selon les modalités définies en annexe. Les coefficients d'élasticité-prix mentionnés dans cette annexe sont fixés par arrêté, réexaminé annuellement, du ministre de la défense et du ministre chargé des transports.
Les entreprises de transport ferroviaire et, pour les services d'intérêt national, l'autorité organisatrice de transport peuvent toutefois demander l'application d'une méthode de calcul alternative, qu'elles soumettent préalablement à l'accord du ministre de la défense et du ministre chargé des transports. Cette méthode prend notamment en compte les gains associés au trafic induit par la mise en œuvre des réductions tarifaires prévues à l'article 1er.
En cas d'accord du ministre de la défense et du ministre chargé des transports, la méthode alternative est portée à la connaissance des autres entreprises de transport ferroviaire et autorités organisatrices de transport.
II. - Pour les services d'intérêt régional, le calcul du montant de la compensation due pour la mise en œuvre des réductions tarifaires prévues à l'article 1er est régi par le contrat de service public conclu entre l'entreprise de transport ferroviaire et l'autorité organisatrice de transport.
L'accroissement de charges des régions en tant qu'autorité organisatrice de transport résultant des dispositions du présent décret ouvre droit à une compensation financière, dans les conditions fixées à l'article L. 1614-8-1 du code général des collectivités territoriales.
III. - Les entreprises de transport ferroviaire mentionnées au I adressent chaque année, au plus tard le 1er septembre, au ministre de la défense leur estimation du montant de la compensation pour la mise en œuvre des réductions tarifaires prévues à l'article 1er au titre de l'année précédente ainsi que le détail des éléments sur lesquels celle-ci est établie. Ces données font l'objet d'une certification par un commissaire aux comptes.
Le ministère de la défense peut verser des acomptes sur le montant de la compensation due à ces entreprises, sous réserve de signer avec elles une convention en prévoyant les modalités.
IV. - Par dérogation aux dispositions du III, les opérateurs exploitant pour la première fois des services librement organisés sur le territoire national peuvent adresser au ministre de la défense, au plus tard au terme de leur deuxième année d'exploitation, le montant estimé de la compensation pour la mise en œuvre des réductions tarifaires prévues à l'article 1er et les justifications correspondantes au titre de la première année d'exploitation.