A la fin de chaque exercice, l'agent comptable en fonctions prépare le compte financier de l'établissement pour l'exercice écoulé.
Le compte financier comprend :
1° Le bilan, le compte de résultat et l'annexe ;
2° La balance définitive des comptes ;
3° Le développement des dépenses et des recettes budgétaires ;
4° La balance des comptes des valeurs inactives.
Le compte financier est visé par l'ordonnateur, qui certifie que le montant des ordres de dépenses et des ordres de recettes est conforme à ses écritures. Il est accompagné d'un rapport de gestion rédigé par l'ordonnateur.
Le compte financier accompagné éventuellement des observations du conseil d'administration et de celles de l'agent comptable est transmis à la collectivité territoriale de rattachement et au recteur d'académie dans les trente jours suivant son adoption.
Avant l'expiration du sixième mois suivant la clôture de l'exercice, le compte financier et les pièces annexes, dont la liste est arrêtée par les ministres chargés du budget et de l'éducation nationale, sont transmis par voie électronique à la chambre régionale des comptes territorialement compétente ou, dans le cas prévu au 4° de l'article L. 211-2 du code des juridictions financières, à l'autorité de l'Etat compétente en matière d'apurement administratif.
Pendant la période au cours de laquelle la responsabilité de l'agent comptable peut être mise en jeu, l'établissement assure la conservation des pièces justificatives et les transmet, à leur demande, à l'autorité chargée de l'apurement administratif et au juge des comptes.