Le calcul des aides allouées à chaque agriculteur est effectué selon les règles définies par le programme de développement rural régional de la région où sont situées les surfaces agricoles de l'exploitation bénéficiaire et, le cas échéant, par le cadre national mentionné à l'article D. 113-18.
Un arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture et du budget détermine les modalités de définition des sous-zones à l'intérieur de chaque zone défavorisée. Cet arrêté précise, en tant que de besoin, les règles d'éligibilité exposées dans le cadre national ou les programmes de développement rural régionaux. Il détermine les surfaces et les catégories de cheptel retenues pour le calcul du taux de chargement lorsqu'un tel critère est prévu par le cadre national ou le programme de développement rural régional applicable à la région concernée. Ce même arrêté précise les modalités de mise en œuvre du mécanisme de stabilisation budgétaire des crédits de l'Etat assurant le cofinancement relevant du Fonds européen agricole pour le développement rural prévu dans le cadre national ou les programmes de développement rural régionaux.
Un arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture et du budget fixe, chaque année et pour chaque région, le montant du coefficient de stabilisation déterminant le montant définitif de l'indemnité de chaque bénéficiaire.
Les surfaces situées hors de la région dans laquelle est situé le siège d'exploitation sont indemnisées conformément aux règles relatives aux zones défavorisées retenues par le programme de développement rural de la région où elles sont situées.