Pour les transports de matières nucléaires de catégorie I, une protection particulière est assurée par une escorte. Celle-ci est réalisée par un navire distinct du moyen de transport et par des moyens humains embarqués dont la description, la composition et les conditions de mise en œuvre sont précisées pour chaque transport concerné dans un document soumis à la validation du ministre compétent.
Pour les transports de matières nucléaires de catégorie II, à l'exception des combustibles irradiés, un représentant désigné par l'opérateur de transport autorisé est présent à bord du navire. Il est chargé de la surveillance des matières nucléaires, notamment lors des escales. Il dispose de consignes lui permettant d'assurer cette mission.