Cinq commissions thématiques consultatives sont chargées d'analyser les offres remises, au regard des thématiques qui leur sont affectées.
Ces cinq commissions thématiques sont :
- la commission thématique n° 1 : Qualité architecturale et aménagement du site ;
- la commission thématique n° 2 : Valeur fonctionnelle, prise en compte du bien-être au travail et services à l'utilisateur ;
- la commission thématique n° 3 : Sûreté ;
- la commission thématique n° 4 : Valeur technique, environnementale et maintenance ;
- la commission thématique n° 5 : Analyse du prix.
Chacune des commissions thématiques peut créer des sous-commissions en son sein. Ces dernières sont composées de contributeurs appartenant à différentes directions du ministère de l'intérieur et des outre-mer et aux assistants à maitrise d'ouvrage participant au projet.
Les commissions thématiques sont présidées par des personnels de la direction de projet en charge de l'opération, tous rapporteurs de sous-commissions. Elles sont composées de l'ensemble des rapporteurs de chacune des sous-commissions relevant de son thème et d'experts qualifiés relevant des assistants à maitrise d'ouvrage participants au projet disposant d'une habilitation de niveau « Secret » au titre de l'IGI 1300.
Au sein de la commission thématique n° 1, une sous-commission chargée de la « qualité architecturale et intégration dans le quartier » est composée d'élus des collectivités territoriales et de l'établissement public de coopération intercommunale compétents au titre des territoires dont relève le projet désignés par arrêté du ministère de l'intérieur et de l'outre-mer, de l'architecte des bâtiments de France territorialement compétent et d'un architecte de la préfecture de police inscrit à l'ordre des architectes. Cette sous-commission n'a pas accès à des informations et supports classifiés.