Le conseil d'administration comprend 24 membres :
1° Six membres de droit :
a) Le maire de la ville de Saint-Germain-en-Laye ou son représentant ;
b) Le recteur de la région académique Ile-de-France ou son représentant ;
c) Le président de CY Cergy Paris Université ou son représentant ;
d) Le directeur chargé de l'enseignement scolaire ou son représentant ;
e) Le directeur chargé de l'enseignement supérieur ou son représentant ;
f) Le chef du service de l'inspection générale de l'éducation, du sport et de la recherche ou son représentant ;
2° Six personnalités qualifiées, dont deux nommées par chacun des ministres de tutelle et deux désignées par les autres membres du conseil d'administration. Au sein de ce collège, siègent au moins trois personnalités issues d'associations représentant des personnes en situation de handicap ou leurs familles ;
3° Douze membres élus par collège correspondant à leur catégorie :
a) Trois représentants des professeurs des universités ou personnels assimilés en application des dispositions de l'arrêté prévu à l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé ;
b) Trois représentants des autres enseignants-chercheurs ou personnels assimilés en application des dispositions de l'arrêté prévu à l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé ;
c) Deux représentants des autres personnels enseignants ou assimilés et des personnels d'inspection ;
d) Deux représentants des personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers, sociaux et de santé ;
e) Deux représentants des usagers.
Le président du conseil d'administration est élu par celui-ci parmi les personnalités qualifiées et pour la durée de son mandat de membre. Un vice-président est élu dans les mêmes conditions et remplace le président en cas d'empêchement temporaire de celui-ci.
Pour chaque membre élu du conseil, il est désigné un suppléant dans les mêmes conditions que le titulaire.
Le directeur de l'établissement, le secrétaire général, le directeur des études, le contrôleur budgétaire, l'agent comptable ainsi que toute personne dont la présence est jugée utile par le président assistent aux séances avec voix consultative.
Les règles de fonctionnement du conseil sont fixées par le règlement intérieur de l'établissement.