Les délibérations du conseil d'administration sont exécutoires quinze jours après leur réception par le ministre chargé du logement et les ministres chargés du budget, de l'économie et de l'énergie, sauf opposition motivée des ministres dans ce délai. Les délibérations relatives au règlement général de l'agence sont exécutoires selon les mêmes modalités, après leur réception par les mêmes ministres ainsi que le ministre chargé de l'outre-mer.
En cas d'opposition des ministres, le président soumet à un nouvel examen du conseil d'administration la délibération modifiée pour tenir compte des motifs invoqués par les ministres. A défaut d'approbation par le conseil d'administration dans le délai d'un mois, la délibération modifiée peut être rendue exécutoire par décision conjointe des ministres de tutelle.
Les délibérations portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. Le délai au-delà duquel le budget est réputé approuvé en l'absence de décision expresse des autorités de tutelle est de quinze jours. Les délibérations relatives aux emprunts et aux acquisitions ou aliénations d'immeubles, ainsi que celles relatives aux règlements intérieurs mentionnés au 2° de l'article R. 321-5 ne sont exécutoires qu'après approbation expresse des ministres de tutelle.
En cas d'urgence déclarée par le conseil d'administration, les ministres de tutelle peuvent autoriser conjointement l'exécution immédiate d'une délibération, quel que soit son objet.