En sa qualité de délégué territorial de l'agence, le préfet de région ou, en Corse, le préfet de Corse préside le comité régional d'orientation et la commission régionale des aides. Il veille à la cohérence et à la coordination des actions de l'agence avec celles conduites par les administrations et les autres établissements publics de l'Etat en région, conformément au contrat d'objectifs à caractère pluriannuel signé avec l'agence.