L'agence est administrée par un conseil d'administration de vingt-huit membres comprenant :
1° Un représentant du Sénat et un représentant de l'Assemblée nationale désignés par chacune de ces assemblées ;
2° Neuf représentants de l'Etat nommés par décret pris sur le rapport des ministres de tutelle, soit :
a) Deux sur proposition du ministre chargé de l'environnement ;
b) Un sur proposition du ministre chargé de l'énergie ;
c) Un sur proposition du ministre chargé de la recherche ;
d) Un sur proposition du ministre chargé de l'industrie ;
e) Un sur proposition du ministre chargé du logement ;
f) Un sur proposition du ministre chargé de l'agriculture ;
g) Un sur proposition du ministre chargé du budget ;
h) Un sur proposition du ministre de l'intérieur ;
2° bis Le délégué interministériel au développement durable ou son représentant ;
2° ter Le directeur général de l'Agence nationale de la cohésion des territoires ou son représentant ;
3° Quatre représentants des collectivités territoriales et des établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre, nommés par décret pris sur le rapport des ministres de tutelle après avis du ministre chargé des collectivités territoriales ;
4° Cinq personnalités qualifiées ou représentants d'associations de protection de l'environnement agréées au titre de l'article L. 141-1 ou représentants de groupements professionnels intéressés, dont trois au titre de l'environnement et deux au titre de l'énergie nommés par décret pris sur le rapport des ministres de tutelle ;
5° Six représentants des salariés élus conformément aux dispositions du décret n° 83-1160 du 26 décembre 1983 portant application de la loi n° 83-675 modifiée relative à la démocratisation du secteur public.