Le président du Conseil est désigné, pour une durée de trois ans, renouvelable, par arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture, de la santé, de l'environnement et de la consommation. Il est choisi parmi les membres des collèges mentionnés au 1° de l'article D. 824-4. Le Conseil se réunit en formation plénière à la demande de son président, de l'un des ministres auprès duquel il est placé, des deux tiers de ses membres ou de l'un de ses collèges, à la majorité des deux tiers des membres qui le constituent. L'ordre du jour des séances est arrêté par le président. Les propositions faites par les deux tiers au moins des membres du conseil, ou par au moins un de ses collèges, à la majorité des deux tiers des membres qui le constituent, sont inscrites de droit à l'ordre du jour.
Les fonctions de président et de membres du Conseil ne sont pas rémunérées.