Pour assurer l'animation et le fonctionnement de ce centre national de référence et mettre en œuvre les missions mentionnées à l'article 1er, FREDON-France s'appuie sur l'expertise des acteurs nationaux et locaux compétents dans les différents domaines concernés et participe aux actions menées à l'échelle internationale dans ce domaine.
Le programme d'actions de ce centre national de référence est soumis à l'avis d'un comité de pilotage qui se réunit annuellement sous la présidence du ministre chargé de la santé et qui comprend des représentants des ministres chargés de l'environnement, de l'agriculture, des transports, du ministre chargé des collectivités territoriales, de l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail et de l'Office français de la biodiversité.
Pour définir les modalités de mise en œuvre et de suivi du programme d'actions du centre national de référence susmentionné, FREDON-France peut s'appuyer sur un comité technique comprenant des représentants des acteurs de la prévention et de la lutte et qu'il réunit deux fois par an. La composition de ce comité technique est proposée par FREDON-France et validée par le comité de pilotage.
FREDON-France rend public un rapport annuel d'activités de ce centre national de référence.