La CCHPA est réunie, dans les plus brefs délais, à la suite de tout accident ayant entrainé ou ayant pu entrainer des conséquences graves.
Elle procède à une enquête à l'occasion de chaque :
1° Accident de service grave ou de maladie à caractère professionnel grave ayant entraîné mort d'homme ou paraissant devoir entraîner une incapacité permanente ou ayant révélé l'existence d'un danger grave, même si les conséquences ont pu en être évitées ;
2° En cas d'accident de service ou de maladie à caractère professionnel présentant un caractère répété à un même poste de travail ou à des postes de travail similaires ou dans une même fonction ou des fonctions similaires.
Les enquêtes sont réalisées par une délégation comprenant le président ou son représentant et au moins un représentant du personnel militaire et un représentant du commandement de la CCHPA. Le médecin des armées en charge de la médecine de prévention, le chargé de prévention des risques professionnels ou le préventeur de l'organisme ainsi que des agents de contrôle tels que visés à l'article 4 du décret du 29 mars 2012 susvisé peuvent participer à la délégation.
Pour chaque enquête, la délégation procède à l'analyse des faits recueillis et propose des actions de prévention. Ces éléments font l'objet d'un rapport de la délégation. Ce rapport est porté à la connaissance de la CCHPA.
La CCHPA est informée des conclusions de chaque enquête et des suites qui leur sont données.