Le ministre chargé de l'écologie arrête le montant de l'indemnité allouée à chaque membre associé sur la base des attestations de service fait établies par le président de la formation nationale d'autorité environnementale ou les présidents des missions régionales d'autorité environnementale.
Les attestations indiquent les dates des séances délibératives auxquelles les membres associés des missions régionales ont participé.