Des contrôles administratifs systématiques sont réalisés aux fins de vérifier que les demandeurs respectent les conditions mises à l'octroi de l'aide, et notamment celles relatives à l'éligibilité du demandeur, à l'admissibilité de la demande et aux engagements souscrits, y compris la bonne réalisation de l'opération, et que le taux maximal d'aide publique autorisé pour l'opération est respecté.
Par exception au premier alinéa, la vérification de la réalisation des opérations d'investissement matériel n'est pas requise pour les opérations sélectionnées en vue d'un contrôle sur place en application de l'article D. 614-20, ou si le taux minimum annuel de contrôle visé à l'article D. 614-21 est supérieur ou égal à 25 % pour l'aide ou le groupe d'aides concerné.
Lorsque l'aide est versée sur la base des dépenses réelles supportées par le bénéficiaire, les contrôles permettent notamment de vérifier que le coût de ces dépenses est raisonnable, et que les documents justificatifs ont été produits et prouvent l'admissibilité et la réalité des coûts engagés et des paiements effectués. Les dispositions spécifiques à chaque intervention ou groupe d'interventions peuvent définir des types de dépenses pour lesquelles la vérification du caractère raisonnable des coûts n'est pas possible en raison de l'absence d'élément de comparaison, ou des seuils de dépenses en-dessous desquels cette vérification n'est pas requise.
Lorsque le bénéficiaire est soumis aux règles de la commande publique en raison de son statut de pouvoir adjudicateur, les contrôles permettent de vérifier que ces règles sont respectées pour les dépenses présentées.
Des vérifications complémentaires peuvent être réalisées, avec leur accord, auprès de tiers ayant un lien avec l'opération financée.
L'ensemble des vérifications effectuées lors des contrôles administratifs et leurs résultats sont tracés pour chaque demande, de manière informatique ou documentaire.