Le président du conseil d'administration de l'agence est nommé par arrêté conjoint des ministres chargés de la santé, des affaires sociales et de la sécurité sociale. Le conseil d'administration comprend en outre :
1° Neuf représentants de l'Etat :
a) Le secrétaire général des ministères chargés des affaires sociales ou son représentant ;
b) Le directeur général de l'offre de soins ou son représentant ;
c) Le directeur de la recherche, des études, de l'évaluation et des statistiques ou son représentant ;
d) Le directeur de la sécurité sociale ou son représentant ;
e) Le directeur général de la cohésion sociale ou son représentant ;
f) Le directeur du budget ou son représentant ;
g) Un sous-directeur de la direction générale de l'offre de soins, désigné par le directeur général de l'offre de soins, ou son représentant ;
h) Le directeur général d'une agence régionale de santé ou son représentant désigné par le secrétaire général des ministères chargés des affaires sociales ;
i) Le délégué ministériel au numérique en santé ou son représentant ;
2° Trois personnalités qualifiées dans les domaines de compétence de l'agence, désignées par arrêté conjoint des ministres chargés de la santé, des affaires sociales et de la sécurité sociale ;
3° Un représentant des organismes d'assurance maladie désigné par le directeur général de l'Union nationale des caisses d'assurance maladie ;
3° bis Le directeur de la Caisse nationale de solidarité pour l'autonomie, mentionnée à l'article L. 14-10-1 du code de l'action sociale et des familles, ou son représentant ;
4° Un représentant du personnel de l'agence, élu selon les modalités fixées par son règlement intérieur.
Le président et les membres mentionnés aux 2°, 3° et 4° sont désignés pour une durée de trois ans renouvelable.