Les dispositions du décret n° 2021-1570 du 3 décembre 2021 relatif aux comités sociaux d'établissement des établissements publics de santé, des établissements sociaux, des établissements médico-sociaux et des groupements de coopération sanitaire de moyens de droit public sont applicables à l'établissement.
Par dérogation aux dispositions de l'article R. 315-27 du code l'action sociale et des familles et du 3° du I de l'article 11 du décret n° 2021-1570 du 3 décembre 2021, les agents contractuels de droit privé exerçant leurs fonctions au sein de l'établissement public national Antoine-Koenigswarter ne sont pas pris en compte pour le calcul des effectifs qui sert à déterminer le nombre de sièges à pourvoir au sein du comité social d'établissement. Ils ne sont pas électeurs au sein du comité social d'établissement.