L'exercice de la pêche dans la zone de régulation de l'APSOI est soumis à la délivrance d'une autorisation de pêche en haute-mer dans la zone Sud océan Indien par le directeur général des affaires maritimes, de la pêche et de l'aquaculture. Cette autorisation n'est attribuable qu'à des navires déjà détenteurs d'une licence et/ou d'une autorisation de pêche délivrée par le préfet, administrateur supérieur des TAAF.
Pour les activités de pêche dans les zones de pêche établie, les armements des navires immatriculés au registre des TAAF transmettent au directeur général des affaires maritimes, de la pêche et de l'aquaculture une demande d'autorisation qui précise, conformément aux dispositions précisées à l'annexe II, la zone de pêche, la période de pêche, la ou les espèce(s) ciblée(s) et une description des engins utilisés ainsi que les informations relatives au demandeur. L'autorisation est délivrée dans un délai maximum de deux mois suivant la réception de la demande par la direction générale des affaires maritimes, de la pêche et de l'aquaculture (DG AMPA). L'autorisation est notifiée à l'armement demandeur, à l'administration des TAAF ainsi qu'au secrétariat de l'APSOI.
Les demandes des activités de pêche exploratoire sont à transmettre conformément à l'article 29 de la mesure 2020/01 au directeur général des affaires maritimes, de la pêche et de l'aquaculture au plus tard 90 jours avant la tenue du Comité scientifique de l'APSOI. Le directeur général des affaires maritimes, de la pêche et de l'aquaculture dépose ces demandes, si elles sont conformes aux règles fixées par l'APSOI, auprès du secrétariat et du Comité scientifique de l'APSOI.