L'agent comptable, avant d'être installé dans son poste, prête serment dans les conditions fixées à l'article 14-1 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
Le montant de son indemnité de maniement des fonds est fixé par arrêté conjoint du ministre des affaires étrangères et du ministre chargé du budget.